La creación de este organismo marca el comienzo de la estadística oficial en España. El 3 de noviembre de 1856, el general Narváez, presidente del Consejo de Ministros de Isabel II, firma un Decreto por el que se crea una Comisión, compuesta por personas de reconocida capacidad, para la formación de la Estadística General del Reino.
Unos meses más tarde, el 21 de abril de 1857, la Comisión pasa a denominarse Junta de Estadística. Su primer trabajo es el Censo de Población, con fecha de referencia del 21 de mayo del mismo año.
Un Decreto del 12 de septiembre de 1870, durante el gobierno provisional del general Serrano, crea el Instituto Geográfico. Tres años más tarde, 19 de junio de 1873, pasa a denominarse Instituto Geográfico y Estadístico, asumiendo todas las tareas de recogida de información numérica para el Estado.
En 1877, el Instituto Geográfico y Estadístico aprueba su Reglamento. Las estadísticas pasan a depender del Ministerio de Fomento en el año 1890.
Un Decreto de 1 de octubre de 1901 establece la formación de las estadísticas oficiales y la publicación de las mismas. El Instituto Geográfico y Estadístico se transforma en Dirección General y se crean departamentos en los Ministerios para completar su labor.
En 1924, el Consejo del Servicio Estadístico, creado en 1921 es reformado, cuatro años antes de que pase a depender del Ministerio de Trabajo y Previsión. Ya en 1931, la adscripción se hace al Ministerio de la Presidencia.
Durante la Guerra Civil (1936-1939) comienza a funcionar el Servicio Sindical de Estadística en coordinación con los Servicios de Estadística del Estado, dentro de la llamada zona nacional.
La Ley de 31 de diciembre de 1945 crea el Instituto Nacional de Estadística, que tiene como misión la elaboración y perfeccionamiento de las estadísticas demográficas, económicas y sociales ya existentes, la creación de otras nuevas y la coordinación con los servicios estadísticos de las áreas provinciales y municipales.
La Ley fue publicada en el BOE del 3 de enero de 1946.
Además de regular la coordinación entre otros servicios estadísticos como el Servicio Sindical de Estadística, la Ley crea el Consejo Superior de Estadística. El Instituto Nacional de Estadística se organiza en Servicios Centrales, Delegaciones provinciales y Delegaciones en los Ministerios.
La sede del INE:
El INE ocupa la sede atual desde 1972. El edifico fue totalmente reformado entre 2004 y 2007 para poder incorporar las últimas tecnologías en cuanto a métodos de trabajo, comunicaciones, y eficiencia energética.
Desde su creación en 1945 hasta 1989 el Instituto Nacional de Estadística ha estado dirigido administrativa y científicamente por la figura de un Director General. En 1977 el estadístico Francisco Azorín Poch fue nombrado Presidente de Honor.
Tras la entrada en vigor de la Ley de la Función Estadística Pública en 1989 se crea la figura de la Presidencia, como principal responsable del organismo autónomo.